TRANG TIN VỀ ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN
Tên đề tài luận án: Nghiên cứu xây dựng mã vạch ADN của một số nguồn gen cây trồng có giá trị kinh tế nhằm phục vụ công tác bảo tồn và chọn tạo giống
Chuyên ngành: Di truyền và CGCT; Mã số: 9620111
Họ tên nghiên cứu sinh: Nguyễn Thị Ngọc Lan
Khóa đào tạo: 2013-2017, gia hạn 24 tháng.
Người hướng dẫn khoa học:
1. TS. Nguyễn Thị Thanh Thủy, công tác tại Bộ Nông nghiệp và PTNT
2. PGS.TS. Lã Tuấn Nghĩa, công tác tại Trung tâm Tài nguyên Thực vật
Cơ sở đào tạo: Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam
Nội dung luận án: Nêu tóm tắt các nội dung chính của đề tài luận án
Đánh giá đa dạng di truyền và lựa chọn mẫu đại diện các nguồn gen nghiên cứu bằng chỉ thị phân tử.
Xây dựng mã vạch ADN dựa trên trình tự vùng gen rbcL cho một số nguồn gen nghiên cứu.
Xây dựng mã vạch ADN dựa trên trình tự vùng gen matk cho một số nguồn gen nghiên cứu.
Xây dựng mã vạch ADN mở rộng dựa trên SNP bằng công nghệ GBS cho một số nguồn gen nghiên cứu.
Những kết quả mới của luận án: Nêu ngắn gọn những đóng góp mới về mặt học thuật, lý luận, những luận điểm mới rút ra được từ kết quả nghiên cứu, khảo sát của luận án, các ứng dụng/khả năng ứng dụng trong thực tiễn.
Kết quả phân tích đa dạng di truyền các nguồn gen bưởi, chuối, nhãn và vải bằng chỉ thị phân tử EST-SSR/ SCoT đã thu được 15 alen đặc trưng cho 7 giống bưởi, 10 alen đặc trưng của 4 giống chuối, 15 alen đặc trưng của 9 giống nhăn và 12 alen đặc trưng của 8 giống vải. Trên cơ sở khoảng cách di truyền và kết quả phân tích alen đặc trưng đã lựa chọn được 62 mẫu giống đại diện của 4 nhóm đối tượng nghiên cứu (bao gồm 20 giống bưởi, 8 giống chuối, 20 giống nhãn và 14 giống vải) để xây dựng mã vạch ADN.
Kết quả nghiên cứu xây dựng mã vạch ADN dựa trên vùng gen rbcL đã phát hiện được các alen đặc trưng tại vị trí 583bp ở 2 giống bưởi (bưởi Thanh Trà và Da Xanh) và vị trí 317bp ở 2 giống vải (vải Thạch Bình và Lục Ngạn 1 chín sớm). Các trình tự này được đăng ký trên ngân hàng gen NCBI với mã số lần lượt là KR073282, KR073281, KU961571 và KU961573.
Kết quả nghiên cứu xây dựng mã vạch ADN dựa trên vùng gen matk đã phát hiện được các alen đặc trưng tại vị trí 762bp ở 2 giống bưởi (bưởi Thanh Trà và Da Xanh), tại vị trí 496bp và 501bp ở 2 giống chuối (Tiêu Hồng và Trăm Nài), tại vị trí939bp ở 9 giống nhãn (nhãn Bản Nguyên, Long Gia Sần, Tiêu Vũng Tàu, Tiêu Da Me, Nhân Sài Gòn, Cơm Vàng Bánh Xe, Xuồng Cơm Ráo, Long Tiêu và Xuồng Cơm Vàng Bà Rịa). Các trình tự này được đăng ký trên ngân hàng gen NCBI với mã số lần lượt là KR073222, KR073223, KR073220, KR073221, KR073235, KR073239, KR073240, KR073241, KR073243, KR073245, KR073249, KR073251 và KR073252.
Kết quả nghiên cứu xây dựng mã vạch ADN mở rộng dựa trên SNP bằng công nghệ GBS đã thu được 03 bộ contig gồm có: bộ contig bưởi có chiều dài 11,089 Mb với 2.176 locut cho 2.887 SNP đặc trưng được sử dụng để phân biệt 17 giống bưởi (Phúc Trạch, Thanh Trà, Phú Diễn, bưởi Đỏ, Đường Hiệp Thuận, Quế Dương, bưởi Ôi, bưởi Trụ, Luận Văn, Đoan Hùng, Lông Cổ Cò, Hồng Đường, Bằng Luân, Năm Roi, Da Xanh, Thanh Da Láng và Đường Da Láng); bộ contig nhân có chiều dài 22,872 Mb với 43 locut cho 55 SNP đặc trưng được sử dụng để phân biệt 11 giống nhãn (Lồng Hưng Yên chín muộn, Bản Nguyên, nhăn Việt Trì, Phong Châu 5, nhãn Sài Gòn, Tiêu Lá Dài, nhãn Cùi, Cơm Vàng Bánh Xe, Cùi Diếc, Xuồng Cơm Ráo và Long Tiêu); bộ contig vải có chiều dài 16,56 Mb với 151 locut cho 239 SNP đặc trưng được sử dụng để phân biệt 10 giống vải (Thiều Thanh Hà, Thạch Bình, Phú Động chua chín sớm, Lục Ngạn 2 chính vụ, Lục Ngạn 1 chín sớm, Bình Khê chín sớm, U Hồng lá vặn, Nguyên Hồng, Xuân Đỉnh và vải Thiều Khải Xuân).
Đây là công trình nghiên cứu đầu tiên sử dụng công nghệ giải trình tự gen thể hệ mới để xác định mã vạch ADN đặc trưng trên nhóm cây ăn quả chủ lực, cụ thể là các giống đặc sản bản địa của Việt Nam. Kết quả nghiên cứu của đề tài luận án có độ tin cậy cao, dữ liệu về các locut SNP đặc trưng trên các giống nghiên cứu có thể sửdụng để phát triển bộ chỉ thị phân tử/ mã vạch phân tử ADN (DNA barcode) có thể ứng dụng trong nhận dạng sớm, nghiên cứu đa dạng, bảo tồn và chọn tạo các giống cây trồng mới có giá trị kinh tế.
